Авиакомпания «СИБИА» имеет более чем двадцатилетнюю историю. В ноябре 1991 года на базе авиаэскадрильи ВС Ан-2 296-го лётного отряда Курганского авиапредприятия была организована частная авиакомпания, что позволило сохранить не только авиационную технику, но и высококвалифицированный летный и технический персонал. Товарищество с ограниченной ответственностью «Предприятие (авиакомпания) «СИБИА» зарегистрировано 27 ноября 1991 года, учредители: Геннадий Михайлович Широносов и Сергей Михайлович Захаров. 6 октября 1997 года перерегистрировано в Общество с  ограниченной ответственностью «АВИАКОМПАНИЯ «СИБИА» (ООО «АК «СИБИА»).

Первый производственный полёт был выполнен 5 декабря 1991 года, а 2 декабря 1992 года Департамент воздушного транспорта Министерства транспорта Российской Федерации выдал Свидетельство эксплуатанта № 99 для осуществления внутренних воздушных перевозок и авиаработ.

Авиакомпанией «СИБИА» выполняются коммерческие перевозки (пассажиров и грузов), а также авиационно-химические и лесоавиационные работы, воздушные съёмки, поисково-спасательное обеспечение аэропортов Курган, Челябинск, авиационные работы с целью оказания медицинской помощи, техническое обслуживание авиационной техники. Действует авиационный учебный центр «СИБИА-ТРЕЙНИНГ».

В состав авиакомпании первоначально вошли воздушные суда Ан-2 с регистрационными номерами СССР-07433, СССР-32679, СССР-33036, СССР-33300, СССР-35032, СССР-40274, СССР-40487, СССР-54946, СССР-81506, СССР-82812. После перерегистрации префикс СССР- был заменён на RA-. В разные годы в состав воздушного флота входили на правах аренды самолёты Ан-2 RA-01489, RA-01491, RA-31492, RA-32680, RA-33357, RA-33359, RA-40359, RA-68162.

В 1996 году был приобретён вертолёт Ми-2 RA-15666. Позднее в аренду были взяты вертолёты Ми-2 RA-15691, RA-20286, RA-23379, RA-23789; вертолёты Robinson R44 RA-04182 и RA-04283.

В 2007 году у авиакомпании изменился учредитель. Им стал Олег Викторович Васильев, учредитель авиакомпании «ЧелАвиа».

В 2008 году был приобретён самолёт Як-40 RA-88234. В июле 2012 года он был списан и в апреле 2013 года был передан в безвозмездное пользование ФГБОУ «Южно-Уральский государственный университет». Самолёт находится в Калачёво (Челябинская область) и используется в качестве учебного пособия.

В апреле 2010 года приобретён самолёт Ан-2 RA-68020.

В 2012 году освоен новый тип ВС — самолёт Tecnam Р2006Т. Первым самолётом этого типа стал RA-01800. В 2014 году для коммерческих грузоперевозок арендован Tecnam Р2006Т RA-1358G. В апреле 2015 года авиакомпания прекратила эксплуатацию самолётов данного типа.

31 марта 2015 года взяты в аренду самолёты Ан-2 RA-33600, RA-68140, RA-92979.

В апреле 2015 года у авиакомпании изменились учредители. Ими стали два гражданина Российской Федерации.

В 2015 году авиакомпания приступила к освоению нового типа ВС — самолёт Cessna 172. В октябре 2015 года взят в аренду единичный экземпляр воздушного судна C172R-02 RA-1965G, а в марте 2016 взят в аренду ЕЭВС C172R-01 RA-1967G.

11 апреля 2016 года получена лицензия на осуществление образовательной деятельности.

В апреле 2016 года взяты в аренду ЕЭВС C172RG RA-2563G и C172R-08 RA-2564G.

15 июля 2016 года Федеральным агентством воздушного транспорта выдано Свидетельство (Сертификат) № 240 авиационному учебному центру «СИБИА-ТРЕЙНИНГ».

Летом 2016 года приобретён самолёт Ан-2 RA-71197.

Сегодня Авиакомпания «СИБИА» имеет Сертификаты эксплуатанта на выполнение коммерческих перевозок и авиационных работ, Сертификат соответствия по техническому обслуживанию авиационной техники, Сертификат авиационного учебного центра. На предприятии трудятся более 70 человек под руководством бессменного директора Геннадия Михайловича Широносова. Принципом кадровой политики было и остается забота о людях: заинтересованность в молодых кадрах и бережное отношение к опытным специалистам.

Мы не останавливаемся на достигнутом: расширяем географию работ, типы эксплуатируемой авиационной техники, осваиваем новые виды авиационных работ и услуг.